Supercomputer skal jagte nye gener
En ny supercomputer med Nordeuropas største ’delte hukommelse’ på DTU skal skabe fremskridt inden for grøn bioteknologi.
Af Stefan Buur Hansen
Computeren, som er en Altix UV 1000 model leveret af SGI, har fået navnet Anakyklosis, som er det græske ord for genanvendelse. Navnet afspejler dens betydning for en biologisk bæredygtig fremtid.
- Systembiologisk forskning indebærer, at man kombinerer og integrerer ekstremt store datasæt af f.eks. genetisk information. Den nye supercomputer har en kæmpe såkaldt ’delt hukommelse’, som gør os i stand til at håndtere disse data hurtigere og mere fleksibelt. Computerens kapacitet vil i den grad udvide vores muligheder for at besvare de grundlæggende biologiske spørgsmål, vi står overfor, som f.eks. hvordan man får en celle til at producere noget, den ikke oprindeligt er skabt til, forklarer Søren Brunak, som er leder af Center for Biologisk Sekvensanalyse på DTU Systembiologi, hvor Anakyklosis allerede er flyttet ind til de andre supercomputere, den skal forbindes med.
Skal producere fremtidens kemikalier
- Behovet for større og hurtigere computere er blevet meget presserende som følge af udviklingen af forskningsområdet metagenomics. Her kortlægger man den samlede arvemasse i hele bakterielle samfund, som f.eks. i dybhavet, i spildevand eller i vores eget tarmsystem. Derfor genereres der datamængder, som er flere tusinde gange større end hele det humane genom, fortæller seniorforsker Nikolaj Blom fra det nye Novo Nordisk Foundation Center for Biosustainability på DTU, som har finansieret computeren.
Metagenomics systems biology bliver et af centerets seks hovedforskningsområder, og supercomputeren vil indgå i centerets jagt på nye enzymer til biotekindustrien og til konstruktion af biologiske cellefabrikker.
Målet for centerets forskning er at producere fremtidens kemikalier i levende celler ud fra billigt og bæredygtigt råmateriale og derved reducere verdens afhængighed af olie.
Fakta: Om supercomputeren
• CPU: 512 cores, 32 sockets med Intel Xeon 8 cores processor type E7-8837 med 2.66 GHz clock speed, 24MB cache og 6,40 GT/s QPI. Skalerer til 256 sockets og 2048 cores.
• Hukommelse: 8TB bestående af 512 x 16GB DIMM, skalerer til 16TB
• Interconnect: SGI NUMAlink 5 med 15 GB/sec bidirectional båndbredde og <1us latency
• Netværksforbindelse: 10Gig Ethernet
• SAN-forbindelse: 8Gb Fibre Channel
Kilde: Danmarks Tekniske Universitet
